个人介绍:

2017年本科毕业于复旦大学生命科学学院，2025年博士毕业于美国麻省大学Chan医学院（系统、计算与定量生物学方向），2026年1月加入北京大学生命科学学院/生命科学联合中心，担任助理教授，组建系统代谢实验室。我们致力于在系统层面上理解与操纵生命体的代谢，希望有朝一日我们能够从生命的化学出发解码与编码生命。

教育经历:

2017 - 2025，理学博士，系统、计算与定量生物学，麻省大学Chan医学院
2013 - 2017，理学学士，生物科学，复旦大学

工作经历:

2026 - 至今，助理教授，北京大学生命科学学院
2025，博士后，麻省大学Chan医学院，系统生物学系

荣誉奖励:

Sydney Brenner Thesis Award, 2026
UMass Chan Chancellor’s Award, 2025

杂志任职:

2025 - 至今, 青年编委，Phenomics

      我们致力于在系统层面上理解与操控代谢，并积极探索其在先天性遗传代谢病中的转化。为了实现这一目标，我们的研究深度整合了系统生物学、高通量基因组学、代谢生物学、理论数学模型和人工智能，在线虫与哺乳动物细胞这两个互补的实验体系中系统性解析代谢运行与调控的基本规律。

我们目前关注的问题包括三个方面：
1. 在整个代谢网络的尺度上，理解代谢运行与调控的基本规律。我们利用高通量基因组学与代谢数学模型的整合，将代谢问题转化为可以高通量研究的基因组学问题，实现对代谢运行与调控的系统性解析。
2. 系统性操作体内代谢的方法开发。我们同时致力于利用所学习到的代谢运行规律，人工操纵与干预代谢，甚至在代谢网络尺度上重编程体内代谢。为此，我们正在结合人工智能（如蛋白质设计等）方法，开发体内操纵代谢的新路径。
3. 代谢遗传病的系统性解决方案。我们也关注如何将代谢系统生物学研究进行临床转化。目前我们的兴趣点集中在系统性解决代谢遗传病（Inborn Errors of Metabolism, IEM）的诊断与治疗难题。

请访问实验室网站，了解关于我们的兴趣方向与实验室文化等更多信息！

Zhang H*, Li X*, Song D, Yukselen O, Nanda S, Kucukural A, Li JJ, Garber M, Walhout AJM. Worm Perturb-Seq: massively parallel whole-animal RNAi and RNA-seq. Nature Communications, (2025)

Li, X*, Zhang, H*, Hodder T, Wang W, Myers CL, Yilmaz LS, Walhout AJM. Systems-level design principles of metabolic rewiring in an animal. Nature (2025).

Zhang H*, Li X*, Tseyang LT, Giese GE, Wang H, Yao B, Zhang J, Neve RL, Shank EA, Spinelli JB, Yilmaz LS, Walhout AJM. A systems-level, semi-quantitative landscape of metabolic flux in C. elegans. Nature. (2025).

Li X, Walhout AJM, Yilmaz LS. Enhanced flux potential analysis links changes in enzyme expression to metabolic flux. Molecular Systems Biology (2025).

Li X, Yilmaz LS, Walhout AJM. Compartmentalization of metabolism between cell types in multicellular organisms: a computational perspective.Curr Opin Syst Biol.(2022) (review article)

Yilmaz LS*, Li X*, Nanda S, Fox B, Schroeder F, Walhout AJ. Modeling tissue-relevant Caenorhabditis elegans metabolism at network, pathway, reaction, and metabolite levels. Molecular Systems Biology (2020) (cover story)